红蓝宝石任务是游戏后期的重要剧情线，玩家需要完成一系列岛屿探索和道具收集。该任务的核心目标是获取红宝石和蓝宝石两件关键物品，用于修复通信系统并解锁新的游戏区域。任务触发条件为通关一周目后，前往1号岛与博士对话升级图鉴至386版，这是开启岛屿探索的前提。
红宝石的获取流程较为复杂，玩家需乘坐船只前往火焰山区域。进入火焰山右侧山洞后，使用怪力技能推动巨石开辟道路，在最深处可找到红宝石。将红宝石带回博士处可换取船票，解锁前往其他岛屿的权限。火焰山洞穴内有大量高等级野生宝可梦，建议提前准备充足的治疗道具和具备岩石系抗性的队伍成员。
蓝宝石的收集需要玩家依次探索4号至6号岛屿。在4号岛冰洞中需掌握登瀑布技能，通过冰面谜题后与冰系训练家对战获胜可获得通行口令。5号岛的山洞内需集齐五个隐藏道具触发剧情，6号岛则需使用居合斩技能开启南侧通道，最终在剧情事件中获得蓝宝石。这两座岛屿的地形设计具有明显特色，4号岛考验玩家对冰面滑行机制的掌握，6号岛则需要合理运用秘传机技能解谜。
完成红蓝宝石交付后，游戏将开放7号与8号岛屿的探索权限。7号岛南部的洞穴是捕捉超梦的关键地点，而8号岛的山洞则栖息着凤凰与洛奇亚两只传说宝可梦。这些后期区域不仅提供稀有宝可梦捕捉机会，也包含多个隐藏道具和训练家对战。岛屿之间的航行需要反复使用船票系统，建议在每次出发前确认背包中的恢复类道具储备。
红蓝宝石任务的设计体现了口袋妖怪系列典型的探索与收集玩法精髓。通过岛屿间的串联叙事，玩家能自然接触到游戏的各种机制要素。任务过程中对秘传机技能的多场景应用，也强化了宝可梦队伍构建的策略维度。该任务线作为连接主线剧情与终局内容的重要桥梁，其完成度直接影响玩家对游戏完整内容的体验深度。
