运输船是远距离转移部队和资源的核心载具，其操作涉及舰队组建、航线规划、安全防护及多兵种协同。解锁军事运输船需将兵工厂升至18级，这是使用该功能的前提条件。运输船队可搭载陆军重型装备（如坦克、火炮）及大量资源，但需注意载重上限与航速的平衡。组建舰队时，需在港口界面选择运输船单位并指定装载内容，系统会自动计算剩余载重。陆军部队需提前集结至港口周边才能登船，空军和海军部队无法通过运输船转移。
运输船的航线规划直接影响行动效率与安全性。起航前需在海图界面手动设定途经点，优先选择靠近己方控制区的近岸航线。若需跨海域运输，务必避开敌方活跃区域或战争迷雾未探索区域。航行过程中可通过缩略图实时监控舰队位置，但无法中途修改航线或卸载部队。运输船本身无作战能力，必须搭配护航舰队（如驱逐舰、巡洋舰）才能保障安全，建议每支运输船队至少配置2-3艘战斗舰艇。
单次运输最多支持8支部队同时登船，且重型装备会占用更多载重空间。摩托化步兵、自行火炮等轻型单位适合优先装载，而攻城车、重坦等超重单位需单独计算载重余量。登船操作需在部队处于港口相邻地块时，通过长按部队选择装载至运输船指令完成。若运输船载重不足或部队类型不符，系统会显示红色警告标识。已登船部队会暂时从大地图消失，直至抵达目的地后自动卸货。
运输过程中可能遭遇燃料耗尽或敌方拦截等突发状况。燃料储备取决于出发港口的油料库存，长距离航行前需确保油井产量充足。若运输船因燃料中断而停滞，可通过友方港口派遣油料补给舰进行救援。当运输船被攻击时，护航舰队会优先接战，但运输船本身受到一定伤害后会自动解散，导致所有搭载部队沉没。因此建议在舰队管理界面为运输船预设紧急撤退指令，遭遇强敌时可快速脱离战场。
到达目的地后的卸货流程需严格把控时机。运输船仅能在友方或中立港口卸货，且需确保目标港口未被敌方封锁。卸货操作会自动触发，但部队重新部署需要约30秒等待时间，极易受到空袭或炮火打击。高风险区域卸货时，建议提前使用空中侦查策略确认周边安全，或协调友军提供火力掩护。完成运输任务后，运输船会进入8小时冷却期，期间无法再次使用，需合理安排后续作战计划。
