协议系统是游戏核心玩法之一，涉及资源获取、同盟合作及星系开拓等多个方面。如果不签署协议，玩家将面临诸多限制，包括资源采集效率降低、无法参与特定星系活动、失去同盟协同作战优势，以及错过专属奖励和剧情内容。这些后果会显著影响游戏进程，尤其是在中后期发展阶段。
不签署协议最直接的影响是资源获取受限。游戏中的特洛伊晶体开采协议和节点恢复协议等，能提供稳定的资源产出渠道。若未签订，玩家只能依赖基础采集方式，效率远低于协议加成下的采集速度。部分高级资源点仅对协议签署者开放，导致玩家在舰船建造和基地升级时面临资源短缺问题。长期资源匮乏会拖慢科技研发和舰队扩张进度，使玩家在竞争中处于劣势。
协议的另一重要作用是解锁星系开拓资格。游戏中的枢纽星系会发布各类开拓协议，如数据抢救协议，允许玩家前往高收益星域探索。未签署协议的玩家无法进入这些星域，不仅失去获取稀有蓝图和技术储备的机会，还可能被排除在星系评定奖励之外。这类奖励通常包含舰船改装模块或特殊技术值，对舰队强度提升至关重要。缺乏协议支持的玩家在后期PVE或PVP对抗中会面临明显的战力差距。
同盟协作方面，协议是维系盟友关系的纽带。互助协议能强化同盟成员间的舰队增援和资源共享机制，而未签署协议的玩家无法享受这些协同福利。在攻城战或防守战中，这类玩家往往难以获得及时支援，导致战略目标失败。部分协议如未央开拓协议2.0涉及NPC势力互动，未参与者将无法利用NPC提供的战术支援或临时据点，进一步削弱生存能力。
勘探者协议或中立者协议等个人协议，会解锁专属任务线及背景故事。忽略这些内容不仅会减少游戏体验的完整性，还可能错过关键的世界观信息。海雷丁家族的勘探任务能揭示星系势力间的隐秘关联，而未参与协议的玩家将无法触发相关事件，导致决策信息不全。
玩家需根据自身发展需求选择合适的协议，避免因未签署而陷入被动局面。合理规划协议签订顺序，并优先完成协议目标，是确保游戏体验流畅性的关键策略。
